Mükerrer antibiyotik tedavilerine dirençli kronik vaginal enfeksiyonlarda, insan papilloma virüs (HPV) enfeksiyonlarında antimikrobiyal etkisinden yararlanmak amacıyla kullanılabilir. Yine rahim ağzı (serviks) yaralarında ozonun iyileştirici etkisinden yararlanmak için vagen içi uygulamalar yapılmaktadır.
Ozon tedavisiyle ilgilenen kadın doğum uzmanları infertilite tedavisinde tüp bebek uygulamasıyla eş zamanlı olarak veya daha öncesinde basamak tedavisi olarak majör ozon tedavisi önermektedir.
