Damar yolu iyi olmayan kişilerde veya damar yolunun kullanılmasını istemediğimiz bebek, çocuk ve yaşlılarda veya özellikle barsakları tedavi etmek istediğimizde ozon rektal yoldan (makattan) verilebilir. Rektal ozon uygulamasıyla majör ozon terapide olduğu gibi sistemik etki elde edilir. Sadece verilen ozonun bir miktarı barsaklardaki gaita tarafından emileceği için doz, majör ozon terapi dozundan daha yüksek tutulur.
Otizm, serebral palsi ve santral sinir sistemini etkileyen diğer durumlarda bebek ve çocuklarda rektal ozon uygulaması yapılabilmektedir. Ülseratif kolit ataklarında kanamayı durdurmak, remisyon süresini uzatmak, barsak florasını düzenlemek için rektal ozon uygulaması kullanılabilir.
Uygun kişilerde rektal ozon uygulaması, majör ozon terapisiyle kombine edilebilir.
